Проще всего :

1. проапдейтить на новом серваке до последнего апа
2. поставить с 0 на новом
3. перенести дамп мускл
4. скопировать scj/top (начиная с версии 47 можно не копировать, оно создаст само)
5. скопировать сами тумбы

Если вам все же нравится копирование, то

1. скопировать с пермишенами
2. проверить пути и пароли в scj/admin/.htaccess, common.php, includes/config.php

Master - Slave

Обратите внимание, что у слейва в базе записано имя базы мастера. На практике это означает следующее: при переносе надо что б имя базы мастера не поменялось. Если оно все же меняется, то после переноса слейва надо руками зайти в базу слейва и поменять в таблице rot_settings значения linked_db.