фактически разницы нет6. в дефолтовых шаблонах, в ссылках (значения href="") для категории, в некоторых местах используется <!--CATEGORY_CUSTOM_NAME-->, а в качестве текстового значения ссылки - <!--CATEGORY_NAME-->, т.е <a href="/cat/<!--CATEGORY_CUSTOM_NAME-->/"><!--CATEGORY_NAME--></a>, но в других шаблонах - на оборот, т.е. <a href="/cat/<!--CATEGORY_NAME-->/"><!--CATEGORY_CUSTOM_NAME--></a>... собственно, какой из этих тагов всё-таки правильно юзать в href, а какой в качестве вывода текстового значения? по идее, <--CATEGORY_NAME--> - это как бы SEO вариант (а так же и slug и имя категории при импорте), который нужно использовать в href="", а вот CATEGORY_CUSTOM_NAME - типа любое текстовое значение (с побелами, в разном регистре и т.д.) т.е. то, которое предназначено для вывода текста?
это просто 2 тестовых поля в базе
вам просто для себя надо определится где будет "слаг поле" а где простое и юзать соответственно.
аналогично как было с пагинацией - скрипт просто заменяеттаг на актуальные данные из базы, не будет такого что включится какой-то мега алгоритм и скрипт будет анализировать в каком контексте использован таг и действовать по-разному.