- перед апдейтом местера у всех слейвов выставляется время жизни кеша - 2 дня,

Тогда это надо делать за 2 дня до апдейта.
Это теоретически можно руками сделать, как на автомате это провернуть сложно сказать ..

Try remove all php code and open it w\o cache.
I guess it's php error.

What exactly does not work ?
it doesn't output navigation ?
Or links are heading to 404 error ?

did you create a toplist with thumbs ?

Уверенности нет в этом.

Ok, pm admin plz
make sure you have all updates plz.

Its set to 10 cats

where ?

What toplist with thumb ?
trader's thumbs ?
rotation thumbs ?
put where ?

Да, по какой-то причине были расхождения в базе - поправил. Подумаю как избежать этого в будущем. Вы сами в базе ничего не делали ?