Имеется ввиду Home - вкладка админки?
Или Home - главная страница туба?

В админке только это:

Database check - OK

Note, this is a free version.

Please, fill in fields : Settings/CJ Settings/Site Info/Top position keywords;

Please, Select your niche in Settings/CJ Settings/Site Info

You are ...

index.php at the root of your domain doesnt looks like SCJ index file. That's ok if you are sure you dont need SCJ index.php there, in other case it means you forget to copy index.php from scj/cgi to the root of your domain.

У меня не в корне находится туб. Все, кроме кликов по тумбам, вроде ...

Да, все есть.
<!--SCJ_INCLUDE-->
<!--SCJ_ROTIN-->

На странице rotin тоже выводится как надо:
<script language='JavaScript' type='text/javascript'>
<!--
document.write ("<" + "img alt='' border=0 width=0 height=0 style='position: absolute; top: -100; left: -100' src='");
document.write ('/scj/cgi ...

Не считаются клики по тумбам.
Заходы на туб есть, переходы по ауту на трейд тоже есть, а кликов по по тумбам нет.
Я вообще не использую реврайтов и отравляю юзеров на out.php с параметрами.
Выглядит примено так:
/custom_gal/out.php?link=images/31x11x672&url=content&content_id ...