Второй вариант помог.
Хотя КМК раньше работало Init Categories из Special и кеш не приходилось удалять.

У меня там мод_реврайтом редирект стоит с без www на www.
я его отключил - что с www, что без www - категорий не вижу

Cache time = 900
так же я ставил куку в Recreate visited pages, тоже не помогло.

Без кеша работает. Но поидее Init_Cats из Special должен же перегенерировать категории? Полчаса прошло а этого так и не случилось.

После апдейта слетели категории на сайтах. Вместо категорий теперь выводит

<li><a href="/category/A/" target="_top">A</a></li>
<li><a href="/category/A/" target="_top">A</a></li>
<li><a href="/category/A/" target="_top">A</a></li>

В шаблоне вывожу их так:

<category order=alphabet num=1-10 ...