Да, точно в Rotation - Settings - Local Server - PATH to data не был указан ПОЛНЫЙ путь к папке с тумбами.

Проблему с лишними тумбами решил так:
1. SQL Запросом:
SELECT `thumb_url`
FROM `rot_galleries`
WHERE `status` =1
выбрал активные тумбы (т.е. те которые требовалось оставить).
2. Скопировал ...

Ситуация такова:
в базе было 400к+ (галлерей) и соотв. 400к+ тумб
300к пометил к удалению. из базы они постепенно удалились, всё ок.
НО команда: в папке thumbs показала, что все файлы тумб на месте.
как их удалить? они занимают слишком много места.